Fundamentalmente debido a la caza irracional de la cual fueron objeto durante el comienzo del siglo XX. Con la invención del arpón granada, la operación con los buques cazadores y los buques factorías, flotas que prácticamente arrasaron con las poblaciones de ballena azul en las aguas del hemisferio sur, principalmente. Y si a ello se agrega que las hembras de esta especie tienen un ballenato cada tres años, se explica que sus poblaciones estén en precarias condiciones, por lo que la especie se considera en peligro.

Y aunque actualmente está protegida internacionalmente, ello no asegura completamente que la especie salga de esa situación debido a las siguientes razones:

a) La contaminación de los mares con múltiples residuos generados por la especie humana;

b) el creciente impacto humano en los mares, debido al importante tráfico de naves en todos los océanos;

c) los simulacros y acciones bélicas que los afectan con el sonido de sus explosiones interfiriendo en sus comunicaciones, cuyas vocalizaciones ahora son ampliamente conocidas;

d) la potencial competencia alimentaria con otros organismos marinos que se alimentan de las mismas presas;

e) los ruidos que emiten los sonares de buques de guerra y submarinos, ahuyentándolos de sus áreas normales de distribución debido a la alta intensidad de los ruidos.